古生物学上：至今没有发现进化过渡阶段的化石
如果进化存在，必然存在进化过程中物种之间的过渡类型，否则进化就是谬论。在逻辑上，过渡类型的化石也就成了进化论的三大证据之一;而事实上，这方面并没有确凿的证据可用，达尔文等人猜想 20 世纪会找到明确的证据，也就是当时用“猜想”作了证据--这又是极不严肃的。事实又是怎样呢?直到现在，发掘出的化石不计其数，禁得起推敲和鉴定的证据还没有一例。
在从猿到人的问题上，寻找过渡物种 “类猿人”，早就列入了科学的“十大悬案”。数次宣布的人类始祖，很快就被否定了。例如1892年发现的人和猿之间的过渡化石“嘉伯人”，是一块猿的头骨和相距40英尺的一根人的腿骨拼凑出来的，学术界否定了“嘉伯人”，科教方面却还在宣传。直到1984年“嘉伯人”才被新发现的猿人化石“露茜”代替。但后来的鉴定中，露茜也被大部份学者否定了，科学家已经确定了露茜是一种绝种的猿，和人无关。
六具“始祖鸟化石”的相继问世，轰动了世界，成为鸟类和爬行动物之间过渡物种的典范。后来鉴定出5具是人造的，剩下的1具坚决拒绝任何鉴定。最初的“发现者”坦白了造假的原因之一：太信仰进化论了，就造出了最有力的证据。而教科书中，对始祖鸟和露茜还是不予更正，公众也就不知真相了。
假如进化存在，过渡类型化石就应该很容易找到，为什么没有呢?大家沿用达尔文的解释：化石记录不完全。深入一想：化石的形成是普遍和随机的，为什么单单漏掉了过渡类型呢?《审判达尔文》一书的作者约翰逊做了这样的总结：“化石向我们展示的都是突然出现的某种有机体，没有逐步进化的任何痕迹……这些有机体一旦出现，基本上就不再变了，哪怕过了几百万年，不管气候和环境如何变化，也不变了。如果达尔文的理论成立，这些条件本应该引起物种的巨大变化。”
古生物学家古尔德和埃尔德里奇曾根据地质历史的事实，提出了一个“间断平衡”假说，来说明过渡类型形成化石机率较小，但不能解释为什么过渡类型根本不存在，而且该假说的进化机制在基因水平上看，是绝对不可能的。
